Ondanks de heropflakkering van geweld gaan de onderhandelingen door. Verschillende Palestijnse en Israëlische organisaties hebben samen activiteiten. Op politiek niveau tekent Netanjahu op 23 oktober 1998 het Wye-akkoord. Het akkoord bepaalt dat Israël zich terugtrekt uit de Westelijke Jordaanoever, maar de regering-Netanyahu valt over de manier waarop dit in de praktijk moet worden gebracht. Ehud Barak, leider van de Arbeiderspartij, wint de verkiezingen.

In 1999 tekent Barak op zijn beurt een akkoord in Wye. Het akkoord voorziet in terugtrekking van Israël uit de Westelijke Jordaanoever voor februari 2000, en dat uiterlijk in september 2000 een vredesakkoord moet zijn ondertekend. De Palestijnen wachtten op de eerste positieve tekenen. Ondertussen werden  echter de Wye akkoorden uitgesteld werden doordat Barak, die zich tegenover een moeilijke coalitie bevond (een breed gezelschap van vredesadvocaten en hard-liners) geen onderhandelaar aanstelde.

Na beperkte evoluties wou Barak de Wye akkoorden heronderhandelen, dit leidde tot de Camp David II onderhandelingen in Juli 2000. Niet overtuigd van de stap voor stap evoluties tot dan toe wenste Barak een eenduidig akkoord dat hij in een referendum aan het Israëlisch volk kon voorstellen. Hiertoe was hij bereid ongekende toegevingen te maken. Hij zou Palestijnse steden (eerst enkele later alle) in Oost-Jerusalem soevereiniteit verlenen, gebieden in Israël ter compensatie geven voor de ingenomen territoria  op de West Bank, en ca. 95% van de West Bank soevereiniteit aanbieden.

Arrafat had echter zijn vertrouwen verloren gezien de beperkte evoluties, die dan in Palestijnse ogen nog in het voordeel van Israël waren, sinds de Oslo akkoorden.

Voor hen was de notie dat de Israëli land “gaven” en dat ze “gul” waren een dubbele fout. De rechten van Israël werden ermee erkend en die van de Palestijnen ontkend. De grootste fout die de Palestijnen maakten was dat ze, doordat ze zo op hen hoede waren voor dubbele bodems, de hen geboden kansen niet zagen, niet begrepen hoe ver Barak wou gaan, en niet in staat waren hen akkoord te geven betreffende de voorstellen of om zelf met een tegenvoorstel te komen. De voornaamste verwezenlijking van de onderhandelingen die plaats vonden tussen juli 2000 en februari 2001 is het doorbreken van taboes.

Halverwege de onderhandelingen, in september 2000, gaf Ariel Sharon echter de aanleiding tot de tweede intifada, ook wel Al-Aksa Intifada genoemd toen hij de olijfberg beklom. In tegenstelling tot de eerste intifada die voornamelijk met stenen en keukenmessen werd uitgevochten maakte deze opstand meer dan 5’000 slachtoffers aan beide zijden.

In een poging een einde te brengen aan het conflict werd in 2002 het “Stappenplan” voor de vrede voorgesteld door het “kwartet”, de VN, de EU, de VS en Rusland. De principes voor het plan werden voor het eerst vastgelegd door President George W. Bush van de VS in een speech op 24 juni 2002 waarin hij opriep voor een onafhankelijke Palestijnse staat zij aan zij en in vrede met Israël. Bush was de eerste President van de VS om expliciet op te roepen voor zo een Palestijnse staat.

De gevechten zouden echter doorgaan gedurende 4 jaar, met uitzondering van een korte hudna (wapenstilstand) in de zomer van 2003. In november 2004 stierf Arafat, de man van wie geloofd wordt dat hij de tweede intifada organiseerde. In Januari 2005 waren er verkiezingen in Palestina. De gematigde Mahmoud Abbas, die reeds lang voor Fatah de relaties met Israël en de grootste Joodse organisaties onderhield, kwam aan de macht. Zijn inspanningen om orde te brengen in de anarchie van de Palestijnse gebieden en een einde te brengen aan de terreuraanvallen brachten Ariel Sharon tot de onderhandelingstafel. Hij beval een significante vermindering van de militaire activiteiten in de Palestijnse gebieden en zorgde voor humanitaire stappen om te voorzien in de noden van de Palestijnen.

Op 8 februari 2005 vond de Sharm el-Sheikh top plaats. Vier leiders uit het Midden Oosten, de Eerste Minister van Israël Ariel Sharon, President van de Palestijnse Autoriteiten Mahmoud Abbas, Egyptisch President Hosni Mubarak en Koning Abdullah II van Jordanië, uitten er hen wens te willen werken aan vrede.

In hen slottoespraken vermeldden Sharon en Abbas expliciet het stopzetten van alle geweld, daarmee effectief de Al Aqsa Intifada beindigend. In augustus 2005 trekt Sharon de troepen definitief terug uit de Gazastrook en ontmanteld de settlements.

Veel Palestijnen hebben echter hen vertrouwen verloren in de diplomatieke weg, en vooral in de Gazastrook wordt de terugtrekking toegeschreven aan het gewapend verzet van Hamas.

Steeds meer Palestijnen geloven echter in een vreedzame oplossing van het conflict. Ondanks deze positieve evoluties weegt het meest besproken conflict van de 21^ste eeuw nog steeds zwaar op het leven van alledag. De jaren van intifada hebben de zowel in Israël als in Palestina een zware economische tol geëist. Minstens 40’000 mensen zijn ontslagen, alleen al in de Israëlische toerisme sector. In Palestina leeft meer dan de helft van de mensen onder de armoedegrens.

Volgens statistieken van het 11^de gezamenlijk onderzoek van het “Palestinian Center for Policy and Survey Research” in Ramallah en het “Harry S. Truman Onderzoeks Instituut ter Promotie van de Vrede” aan de Hebreeuwse  Universiteit te Jerusalem zien 80% van de Palestijnen en 66% van de Israëli de verkiezingen voor de Palestijnse president als een belangrijke stap in de Palestijnse democratie.

Zo’n 63% van de Palestijnen en 55% van de Israëli geloven dat er medium tot hoge kansen zijn dat een democratisch systeem zal ontstaan binnen de Palestijnse Autoriteiten of in een toekomstige Palestijnse staat.